L'Institut de préhistoire et des sciences de l'Antiquité offre plusieurs cursus d'étude :

• Le bachelor (baccalauréat universitaire)
  - en Archéologie
  - en CLAM (Civilisations et Langues de l'Antiquité et du Moyen-Age)
  qui peut être suivi comme pilier principal (à 70 ou 90 ECTS) ou comme pilier secondaire (à 40 ECTS).
• Le master (maîtrise universitaire)
  - en Archéologie
  - en Histoire (orientation Histoire ancienne et médiévale)
  - en Littératures (orientation Littératures de l'Antiquité et du Moyen Age)
  qui peut être suivi comme pilier principal (à 60 ou 90 ECTS) ou comme pilier secondaire (à 30 ECTS).
• Le doctorat, qui n'implique pas de cours mais pour lequel la participation à l'Ecole doctorale romande en sciences de l'Antiquité (EDOCSA) est vivement conseillée.

L'Institut assure l'enseignement de latin/grec fondamental pour l'ensemble de la Faculté des lettres et sciences humaines, ainsi que des enseignements réguliers dans les cursus d'histoire, d'ethnologie, et de psychologie-éducation.

Selon la filière d'étude choisie, l'accent peut être mis sur les langues et les littératures antiques et médiévales, les sciences bibliques, l'histoire ancienne et médiévale, l'iconographie ou encore l'archéologie et l'étude des vestiges matériels (préhistoire, antiquité, époque paléochrétienne). De multiples combinaisons peuvent être possibles entre ces différentes disciplines, assurant un dialogue constant entre des approches très diversifiées.