Regroupant  l'archéologie pré- et protohistorique et l'archéologie de la Méditerranée antique, l'Institut s'intéresse à l'histoire de l'Homme depuis ses origines jusqu'au Moyen-Âge, par l'étude de ses traces matérielles, iconographiques et écrites. L'Institut réunit deux professeurs en archéologie, soutenus par un professeur associé, des chargés d'enseignement, des assistants et des collaborateurs, qui entretiennent des liens étroits avec les Instituts d'histoire, d'ethnologie, de biologie, ainsi qu'avec les Universités de Fribourg, Lausanne, Bourgogne et Franche-Comté.

Largement ouvert sur la Cité, l'Institut propose, en plus de ses cours dispensés à l'Université, des stages de fouilles archéologiques en Suisse et à l'étranger, des stages en laboratoires et dans des musées, des cours publics et des conférences. Il s'appuie aussi sur un partenariat unique en Suisse en matière d'activités culturelles et de projets scientifiques, qui lie l'Université au Musée du Laténium, ainsi qu'à l'Office d'archéologie du canton de Neuchâtel.